En la antigua Grecia, Teofrasto, contemporáneo de Aristóteles, escribió acerca de las relaciones de los organismos y el medio.
La ecología, tal como la conocemos actualmente tiene raíces en el trabajo de naturalistas y botánicos.
En el siglo XIX, geógrafos botánicos como Carl Lwidig Willenow (1765-1812), advirtieron que los climas parecidos albergan una vegetación similar en su fisonomía aunque las especies sean diferentes entre sí. Alexander von Humbolt (1769-1859) pasó cinco años explorando lo que hoy es Latinoamérica. De sus estudios llegó a la conclusión de que los vegetales se relacionan directamente con las condiciones del clima y acuñó el término asociación vegetal.
El primer libro de Ecología Vegetal fue escrito por Johannes Warming (1841-1924) en Copenhague, en él, integró la fisiología, la morfología, la taxonomía y la biogeografía vegetal.
Con la obra "The trophic-dynamic aspects of ecology", R.A. Lindeman se inicia la ecología de los ecosistemas (el estudio de los sistemas vivos como un todo), ya que en su obra describe las relaciones de "energía disponible" en la comunidad de un lago. Así, influye poderosamente en el desarrollo de la ecología de nuestros días.
El viaje de Charles Darwin (1809-1992) en el Beagle permitió la comparación de las similitudes y las diferencias entre los organismos dentro de cada continente. Él atribuyó estas características a la presencia de barreras geológicas y se dio cuenta de cómo sucesivos grupos de plantas y animales, distintos pero claramente relacionados, se sustituían unos a otros.
Al comprender la propuesta de Thomas Malthus (1766-1834), Darwin pudo concebir el concepto de "la supervivencia del más apto' como un mecanismo de selección y evolución.
El trabajo de Gregor Mendel (1822-1884) sobre la herencia y los postulados de Darwin sobre la selección natural, sentaron las bases del estudio de la evolución y la adaptación, dando pie a lo que más tarde se conocería como genética de poblaciones.
La genética de poblaciones de raíces malthusianas se ha desarrollado más tarde en dos grandes corrientes: la ecología de poblaciones (estudia el crecimiento poblacional analizando las tasas de natalidad y de mortalidad, las fluctuaciones, la dispersión y las interacciones poblacionales), y la ecología evolutiva (se interesa por el estudio de la selección natural y la evolución en las poblaciones.La ecología tiene tantos elementos en sus raíces y tantas vertientes en su aplicación que debe considerarse como una disciplina multifacética o polimorfa.   
    En su definición académica tradicional, la ecología es el estudio científico de las relaciones entre los organismos y con su medio ambiente. Entendemos como ambiente no sólo las condiciones físicas, sino también las condiciones biológicas dentro de las cuales se desempeñan los seres vivos. El término ‘relaciones’ se refiere a las interacciones de los organismos tanto con el mundo físico como con los miembros de su misma especie y con los de las demás especies.
    Se puede considerar que la ecología es el estudio de la economía de la naturaleza o la ‘gestión de la casa’.
    Los organismos interactúan entre sí en la naturaleza dentro del contexto del ‘ecosistema’, el cuál está integrado por una serie de partes que interactúan y funcionan como un todo, formando una unidad. Generalmente está integrado por dos componentes esenciales: la parte biótica (viva) y la parte abiótica (física).
      Los organismos que integran la parte biótica se organizan en poblaciones que es un grupo de individuos que pueden (potencialmente) reproducirse entre sí, y que coexisten en el mismo espacio y tiempo.
    Las diferentes poblaciones no funcionan de manera independiente; algunas compiten con otras por los recursos como pueden ser el alimento, el agua, la luz o  el espacio. En otros casos, una población es el alimento de otra. Algunas veces las poblaciones se prestan beneficios entre sí.
    Las poblaciones de un ecosistema se relacionan con otras y, constituyen una gran organización denominada comunidad.
    Los ecosistemas están constituidos por diferentes niveles. En un primer nivel, los organismos interactúan individualmente, reaccionando respecto al medio ambiente y reaccionando ante él.
    En el segundo nivel, los individuos de la misma especie se integran en poblaciones, las que podemos describir en términos de su abundancia, distribución, tasa de crecimiento, etc…
    La conformación de comunidades integradas por poblaciones interactuantes, forma el siguiente nivel.
    La integración interactuante de los ecosistemas en la Tierra conforma la Biosfera o ecosistema planetario.
    El estudio de la biosfera como un gran complejo de interacciones sólo puede llevarse a cabo con un enfoque interdisciplinario en el que se interactúan muchos conceptos y métodos provenientes de disciplinas muy diversas.