En algunos sitios la basura se incinera, con lo cual, la materia desaparece pronto del medio ambiente, además de constituir un sistema relativamente barato para el manejo de la basura cuando se practica furtivamente y sin ningún control. Sin embargo, los efectos sobre la atmósfera no se dejan esperar.

La mayoría de los incineradores que se usan para producir energía eléctrica son de combustión en masa, que queman basura mezclada, sin separar materiales peligrosos como acumuladores o baterías de automóviles y materiales no combustibles que pueden interferir con las condiciones de combustión y provocar gran contaminación atmosférica. Dinamarca y Suecia queman el 50 % de sus desechos sólidos para producir energía y sólo el 10 % en Estados Unidos.

Las cenizas de los incineradores, en general, contienen sustancias peligrosas como dioxinas, ácido clohídrico, furanos, plomo, mercurio, cadmio y otros metales tóxicos que pueden generar cáncer y trastornos en el sistema nervioso. Sólo en Japón tiran las cenizas en rellenos diseñados para manejar desechos peligrosos.

La construcción de incineradores es muy costosa, al igual que su operación y mantenimiento. Aún con dispositivos avanzados de control de contaminación, se emiten diversas sustancias tóxicas a la atmósfera.

Los ambientalistas se oponen a que se dependa del uso de incineradores porque anima a la gente a continuar arrojando papeles, plásticos y otros materiales que se pueden quemar, en lugar de buscar maneras de conservar, reciclar y reusar esos recursos, y reducir la producción de desechos. Además, los incineradores deben de procesar  una gran cantidad de basura para que sean redituables.

La quema de llantas genera contaminantes atmosféricos como el dióxido de carbono, partículas de hollín, cadmio, arsénico, plomo y zinc; además al quemarlas se produce petróleo crudo que contamina el agua y el suelo cercanos.

Otro contaminante que se libera al quemar plásticos clorados como el cloruro de polivinilo (PVC) produce humo y ácido clorhçidrico:

Toda vez que la basura se conforma de una gran diversidad de productos degradables y no degradables, muchos de ellos liberan compuestos severamente nocivos. Según un estudio realizado por Iván Restrepo la basura de las diferentes zonas tiene una conformación diferente. En la siguiente gráfica se puede observar la conformación de la basura producida en la Colonia Viaducto Piedad de la Ciudad de México donde, según sus estudios, una familia promedio percibe de 4 a 7 salarios mínimos.
 

 En estudios realizados por un grupo de científicos norteamericanos (Junk, G. y Ford, S.) publicados en la revista  Chemoespher en 1980)  han reportado más de 200 compuestos químicos orgánicos que se liberan durante la incineración de la basura, de ellos han estudiado sus efectos sobre la salud. En la siguiente tabla podemos advertir el efecto de algunos de ellos.